En crue, la rivière change de comportement : courant plus fort, eau chargée, branches et troncs flottants, berges submergées. Les barrages mobiles s'ouvrent, et certaines bouées sont retirées pour ne pas être emportées ; elles sont remplacées, si possible, par des espars ou des jalons.
Pour le conducteur, l'effet le plus traître est la baisse de la hauteur libre sous les ponts : la valeur portée sur un C.2 ne vaut plus, et il faut lire les échelles de tirant d'air. Les distances d'arrêt s'allongent pour les avalants.
Le gestionnaire prend des mesures graduées : restrictions de navigation, comme les RNPC sur le Rhône et la Saône, puis arrêt complet quand le niveau atteint les plus hautes eaux navigables. Ces mesures sont diffusées par avis à la batellerie et parfois annoncées sur place par C.4.
