Les marques latérales bordent un chenal. En mer, en région AISM A, on suit le sens conventionnel du balisage, celui du navire qui vient du large : la marque bâbord est rouge, cylindrique, à voyant cylindre rouge, et se laisse à gauche en entrant au port ; la marque tribord est verte, conique, à voyant cône vert, et se laisse à droite. En sortant, tout s'inverse. Les feux éventuels sont rouges ou verts.
En eaux intérieures, la convention diffère : le rouge marque le côté droit du chenal et le vert le côté gauche, pour un observateur tourné vers l'aval, comme le prévoit l'annexe 8 du RGPNI. Un bateau qui descend laisse donc les bouées rouges à sa droite. À l'entrée d'un port fluvial, rouge à bâbord en entrant, car l'entrée est considérée comme montante.
Aux bifurcations, des marques latérales modifiées, à bande de l'autre couleur, indiquent le chenal préféré. En région B, les couleurs sont inversées.